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蛋白質(zhì)在生物學中扮演著重要的角色。因為蛋白質(zhì)的電荷和大小不一樣，從蛋白質(zhì)混合物中分離純化出有功能活性的蛋白質(zhì)一直以來都是一個挑戰(zhàn)。在蛋白質(zhì)純化方面得另一個挑戰(zhàn)是可以用來進行蛋白質(zhì)純化的起始原料受到限制；有時只有微克量的蛋白質(zhì)可以用于純化，使得目前大多數(shù)蛋白質(zhì)純化方法不太適用。

在PEP 技術(shù)中，蛋白質(zhì)混合物通過改進的一維和二維電泳技術(shù)進行*步分離，這個改進的方法提供了很好的分辨率同時仍能保持蛋白質(zhì)的功能活性。接下來有效地將凝膠電泳中的蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到特殊設(shè)計的384 孔的蛋白質(zhì)洗脫平板上。然后將PEP 平板上的樣品進一步轉(zhuǎn)移到另一個384 孔的主平板上，主平板中的樣品，其中的一部分樣品轉(zhuǎn)移到蛋白質(zhì)功能分析平板中進行功能試驗來確定酶活性或蛋白質(zhì)功能。對于有活性的樣品，可以從384 孔主平板中取得另一份樣品，通過標準的SDS-PAGE（聚丙烯酰胺凝膠電泳）來測試每個孔中的蛋白質(zhì)的純度。如果需要的話，可以用質(zhì)譜分析的方法來鑒定相應的酶或功能蛋白質(zhì)，這些質(zhì)譜分析用的蛋白質(zhì)可以從含有純的蛋白質(zhì)的孔內(nèi)獲得或者從SDS-PAGE

凝膠中蛋白質(zhì)帶獲得的。PEP 技術(shù)也能用于分析同源的酶家族成員從而獲得每個酶的功能圖譜（例如蛋白質(zhì)激酶，蛋白磷酸酶，蛋白酶等），從原理上這個PEP 技術(shù)能對需要進行功能分析的任何蛋白質(zhì)家族進行系統(tǒng)地分析鑒定從而更系統(tǒng)的研究它們的生物學意義。